Det finst ikkje éi enkelt kjend årsak til funksjonell kvalme og oppkast. Fysiske faktorar, som ein gjennomgått infeksjon, kan ha betydning, men vi veit at symptoma hos mange kan bli forverra av stress og uro. Funksjonelle mage- og tarmlidingar blir derfor også kalla «sjukdomar i samspel mellom tarm og hjerne» (disorders of gut-brain interaction), fordi hjernen regulerer rørslene i fordøyingssystemet via det autonome (automatiske) nervesystemet. Ved belastning i dette nervesystemet kan kvalme og oppkast oppstå og bli kroniske.
Når ein skal forstå og hjelpe barn med funksjonelle mage- og tarmlidingar, kan det vere nyttig å vere litt detektiv for å finne ut om barnet har belastningar som kan utløyse stressreaksjonar i kroppen og magen. Vi veit at kroppen, psyken og det sosiale livet heng saman og påverkar kvarandre. Den biopsykososiale modellen viser korleis biologi, det sosiale livet og psykologien er i samspel og påverkar kvarandre.
Dei biologiske føresetnadene omfattar søvn, matinntak, sjukehistorie og det som blir arva frå foreldra. Ofte er også andre i familien sensitive i magen. Det sosiale livet omfattar familie, vener, skule, sosiale medium, fritidsaktivitetar og nærmiljø. Den psykologiske funksjonen til barnet blir utvikla i samspelet mellom barnet si medfødde personlegdom og temperament, tidlegare erfaringar og opplevingar seinare i livet.
Ved funksjonelle mage- og tarmlidingar er det viktig å sjå heilskapen, og ikkje berre leite etter teikn på kroppsleg sjukdom. Psykologiske og sosiale belastningar i form av stress og uro kan like ofte utløyse kroniske magesmerter, kvalme og oppkast.